Konflik antara Komisi Pemberantasan Korupsi dengan Polri menjadi kontroversi. Konflik tersebut juga memunculkan berbagai macam spekulasi politik.

Pengamat Politik dari UIN Jakarta, Zaki Mubarak mengatakan, munculnya konflik antar kedua institusi penegak hukum itu tidak terlepas dari kepentingan PDI Perjuangan (PDIP) sebagai partai penguasa untuk mengamankan Megawati Soekarnoputri.

Zaki mengatakan, kasus Surat Keterangan Lunas (SKL) Bantuan Likuiditas Bank Indonesia (BLBI) yang hendak diselidiki KPK menjadi pemicu kemarahan PDIP. "Ini dalam rangka mengamankan Ibu Mega dari kasus BLBI, karena kabarnya sudah beredar untuk penuntasan hutang BLBI, mungkin ini ada kekhawatiran dari PDIP," kata Zaki, Jakarta, Rabu (28/1/2015).

Untuk itu, kata Zaki, PDIP melalui Megawati meminta Jokowi menunjuk Komjen Pol Budi Gunawan sebagai calon tunggal Kapolri. Sebab, Budi sebagai mantan ajudan Megawati saat menjabat presiden. "PDIP berkepentingan untuk memunculkan Pak BG sebagai Kapolri. Karena itu PDIP memaksa BG jadi Kapolri untuk mengamankan Ibu Mega," jelasnya.

Kedekatan Budi dengan PDIP, lanjut Zaki, dapat dibuktikan ketika pertemuannya dengan Ketua DPP PDIP, Trimedya Panjaitan jelang Pilpres 2014, di salah satu rumah makan. "Kalau kita ingat waktu ada pertemuan antara Trimedya dengan BG, jadi publik sudah mengetahui, bahwa BG bagian dari tim pemenangan Jokowi," tegasnya.

Ketua KPK Abraham Samad pernah menegaskan, tidak akan ragu memanggil mantan Presiden Megawati Soekarnoputri dalam penyelidikan kasus dugaan korupsi pemberian SKL BLBI. Diketahui, SKL BLBI pertama kali dikeluarkan saat pemerintahan Presiden Megawati Soekarno Putri sesuai Inpres Nomor 8/2002 dan Tap MPR Nomor 6 dan 10.

Diketahui, Plt Sekretaris Jenderal (Sekjen) PDIP Hasto Kristiyanto mengadakan konferensi pers, Kamis (22/1/2015). Ia menyebut Samad melakukan pertemuan beberapa kali dengan elite partainya menjelang Pilpres 2014 lalu. Samad disebut hendak melakukan lobi politik agar dipasangkan dengan Jokowi saat Pilpres 2014.

Sehari setelahnya, Bareskrim Polri menangkap Wakil Ketua KPK, Bambang Widjojanto dalam rangka pemeriksaan sebagai tersangka kasus dugaan memberikan keterangan palsu dalam sidang sengketa Pilkada Kotawaringin Barat di Mahkamah Konstitusi pada tahun 2010. Penangkapan ini berdasarkan laporan Sugianto Sabran yang juga sebagai politikus PDIP.